Folterprotokolle werden meist nur geführt, wenn es sich um eine Folter handelt, die eine sehr lange Zeit in Anspruch nimmt und man darauf achten muss, in welchem Maße man dem Opfer Gewalt zufügt oder es unter Druck setzt. Hierbei wird an Hand von Interwallen, die Intensität gesteuert, so wie an zusätzlich beigefügten medizinischen Daten der Gesundheitszustand des Delinquenten nach gehalten, sodass er nicht stirbt, bevor er gestanden hat oder die Information geliefert hat, die man von ihm haben will. In solchen Fällen dient das Folterprotokoll der eigenen Kontrolle und zur Anpassung der Maßnahmen, so wie als Beleg für den Auftraggeber.
Ein anderer Grund für die Anwendung von Folterprotokollen ist, dass diese von einem Staat bzw. dem Angehörigen Militär angelegt werden, da der Staat die Folter eigentlich verbietet und man hiermit seinen Vorgesetzten Rechenschaft ablegen muss, dass man einen gewissen Grad der Behandlungsweise nicht überschritten hat, da dies sonst Außenpolitisch so wie Innenpolitisch für große Probleme sorgen würde. In diktatorisch geführten Staaten, sowie wie in Drogenkartellen hat ein solches Protokoll nur den Zweck seinem Vorgesetzten nachzuweisen, dass die Folter dem Wunsch entsprechend durchgeführt wurde. Moralische und gesetzliche Beschränkungen spielen hier keine, Rolle. Viel mehr dienen, die Folterprotokolle hier als ein Leistungsnachweis, der nachhält durch welche Methoden das entsprechende Ziel erreicht wurde.
In der westlichen Welt spricht man gerne von Verhörprotokollen, welche besonders gerne vom Militär oder auch von Geheimdiensten geführt werden. Hierbei ist die Grenze zu einem Folterprotokoll fließend und unterscheidet sich zu weilen nur noch durch die Begrifflichkeit der Namensgebung. Die zuvor so definiert und ausgelegt wurde, dass es als Verhörprotokoll zu gelten hat, auch wenn Methoden der Folter eingesetzt werden, ist man stets bemüht Begrifflichkeiten zu nutzen, die dem Handeln die Grausamkeit und Schärfe nehmen. Um die Hemmschwelle bei der ausführenden Person herabzusetzen.
Diese Methodik ist nicht neu und wurde schon im Nationalsozialismus genutzt. So wurden zum Beispiel Juden stehend eng zusammen gepfercht in Gütertransportwaagen der Deutschen Bahn befördert. Diese Fahrten dauerten zum Teil mehrere Tage. Es gab keine Möglichkeit zu sitzen oder zu liegen, allein die Enge verhinderte ein Umfallen oder Zusammenbrechen. So wurden die Menschen zu den Lagern gebracht, ohne jegliche Versorgung. Diese Art der Folter wurde dann umbenannt und als sogenannte „Sonderbehandlung“ getarnt und in den Unterlagen und Akten vermerkt. Allerdings nicht aus humanitären Gründen den Opfern gegenüber, sondern um im organisatorischen Schriftverkehr Zweifel zu sähen, worum es sich wirklich handelte.
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